东源县的前身为原河源县的主体。河源县成立于南朝齐永明元年（483年），立县1500余年。1988年1月，经国务院批准，河源撤县建市，将原河源县东埔镇、埔前镇、源城镇和高埔岗农场3镇1农场划为源城区，其余24个乡镇划为郊区。1993年11月8日，经国务院民政部批准撤销河源市郊区，建立东源县，县城设在仙塘镇木京村。经省民政厅批准，2002年撤销久社镇，其辖区划归黄田镇；2003年撤销三河镇和黄沙镇，其辖区划归船塘镇；全县下辖镇20个、民族乡1个，行政村258个、社区居委会29个。

　　 1988年1月，经国务院批准，撤销河源县，设立河源市。原河源县辖区划分为河源市源城区和河源市郊区，源城区辖源城、东埔、埔前3个镇和高埔岗国营农场；河源市郊区辖仙塘、灯塔、顺天、骆湖、上莞、曾田、柳城、船塘、黄村、叶潭、蓝口、康禾、黄田、义合、锡场、新港16个镇及双江、涧头、黄沙、三河、漳溪、久社、新回龙、半江8个乡。

　　1993年11月，撤销河源市郊区，设立东源县，辖原郊区16个镇8个乡。县城设在仙塘镇木京村。

　　1994年1月，经省政府批准，双江、涧头、黄沙、三河、漳溪、久社、新回龙、半江8个乡改为镇，东源县共辖24个镇。

　　1999年7月，撤销漳溪镇设立漳溪畲族乡，全县辖23个镇1个民族乡。

　　2002年12月，撤销久社镇并入黄田镇。2003年7月，撤销三河镇和黄沙镇，并入船塘镇。

　　2004年, 东源县撤并28个村委会。至年底，辖20个镇1个民族乡，下设258个村委会，25个社区居委会，1878个村民小组。

　　2005年，撤并村民小组，全县辖20个镇，1个民族乡，下设258个村委会，29个社区居委会。至2022年底，区划未变。